Conocido como de “San Nicolás” hasta 1936, es el más antiguo de los templos existentes en Miranda. Seriamente dañado en la contienda civil, permaneció cerrado al culto hasta 1972, cuando se procedió a rehabilitarlo.
Su núcleo originario -probablemente una edificación de dimensiones reducidas- aparece ya reflejado en el Fuero de Alfonso VI, en 1099. En el primitivo templo de San Nicolás prestaban juramento los querellantes en los litigios que enfrentaban a vecinos de Miranda con las gentes de la orilla izquierda del Ebro.
Conserva la Iglesia del Espíritu Santo su naturaleza románica, pese a albergar hoy elementos de otros estilos posteriores. Así, son netas muestras del Románico su ábside, construido en la segunda década del siglo XIII, y su portada, levantada a comienzos del segundo tercio del mismo siglo. La nave es gótica, y su campanario y coro fueron construidos a mediados del XVI.
Declarada Monumento Histórico Artístico el 3 de junio de 1931, destacan en su conjunto el ábside y la portada. El primero tiene forma poligonal, con cinco ventanas abiertas bajo arcadas separadas por semicolumnas adosadas a los pilares y apoyadas en plintos de capiteles decorados con representaciones vegetales y mascarones. La cornisa se apoya en canecillos ilustrados con cabezas. La segunda es abocinada, y está formada por tres arquivoltas ojivales decoradas, apoyadas en cimacios que se sustentan en seis columnas con capiteles que muestran símbolos del pecado unos, y motivos geométricos, un castillo y un león otros.